W niektórych, bardzo rzadkich przypadkach, na skrzyżowaniach konieczna może się okazać fizyczna segregacja szybkiego ruchu samochodowego oraz ruchu rowerowego w pionie. Jest to rozwiązanie niezmiernie kosztowne i raczej bardzo niekorzystne z punktu widzenia rowerzysty, który jest zmuszany do dodatkowego wysiłku, związanego z pokonywaniem różnicy wysokości. Z punktu widzenia ergonomii i wygody rowerzysty, zazwyczaj korzystniejszym rozwiązaniem są tunele pod ulicami samochodowymi. Po pierwsze, projektant musi uwzględniać wówczas - oprócz konstrukcji tunelu - niewielką skrajnię pieszego i rowerzysty, co daje tylko około 3 metrów różnicy poziomów do pokonania, a po drugie pokonujący tunel rowerzysta najpierw może się rozpędzić zjeżdżając w dół, a następnie wykorzystać uzyskaną w ten sposób dodatkową energię kinetyczną do wyjechania na powierzchnię. Oczywiście, wymaga to bezkolizyjnej konstrukcji tunelu i wysokiej prędkości projektowej. Niewielka różnica poziomów powoduje również, że odcinki dojazdowe - rampy, prowadzące do tunelu - są stosunkowo krótkie i zajmują niewiele miejsca. W przypadku kładek nad jezdnią należy uwzględnić dużo większą skrajnię pojazdów samochodowych, tramwajów. W rezultacie różnica poziomów jest zazwyczaj dwukrotnie większa, a rampy, umożliwiające wyjechanie rowerem - muszą być bardzo długie (choć czasem ukształtowanie terenu powoduje, że kładki są bardziej ergonomicznym rozwiązaniem - np. jeśli droga i skrzyżowanie położone są w wykopie). Z punktu widzenia bezpieczeństwa społecznego, tunele często mogą stanowić potencjalne zagrożenie. Zawsze powinny być dobrze oświetlone, a ich konstrukcja powinna umożliwiać obserwację i dozór nawet z większej odległości. Na dnie tunelu nie może zbierać się woda, liście itp. a odległość rowerów od lica ścian nie może prowokować niebezpiecznych sytuacji. Z drugiej strony często na potrzeby rowerzystów można adaptować istniejące przepusty czy otwory konstrukcyjne np. pod mostami - w ten sposób powstać może bardzo niewielkim kosztem alternatywna trasa rowerowa, umożliwiająca na przykład ominięcie bardzo ruchliwego skrzyżowania. Ale takie "improwizowane" rozwiązania mogą być tylko uzupełnieniem, alternatywą dla innych, wysokiej jakości rozwiązań technicznych.